1기(2001년6월 ~ 2001년 11월): 강호동, 강병규, 남희석이 70년대 고등학교 교복을 입고 뛰어다니면서 미션을 수행하는 내용이었다. 미션은 양철 도시락통에 문제지를 넣고 KBS 방송국이나 시내를 돌아다니면서 연예인이나 시민을 만나서 스피드 퀴즈를 하는 것. 그 외에 지렛대에 찹쌀떡 올려놓고 띄워서 먹기, 제기차기 등등이 있었다. 이때는 'MC대격돌 돌격 앞으로'였다.
2기(2001년 11월 ~ 2002년 11월): 부정할 수 없는 최전성기. 시작한 코너가 그 유명한 오늘의 미션과 공포의 쿵쿵따. 오프닝 때도 MC대격돌을 먼저 같이 외치고 대결이름은 따로 아나운서가 소개할 정도로 MC대격돌은 오늘의 미션과 공포의 쿵쿵따는 서로 상하관계가 있었다.[1] 출연자는 강호동, 유재석, 이휘재, 김한석.(13회 통합 회차부터 출연.)
3기(2002년 11월 ~ 2003년 6월): 기존의 쿵쿵따와 더불어 여성 게스트가 금지된 말과 행동에 따라 MC들에게 벌칙을 내려주는 위험한 초대가 신설되었다. 출연자는 주영훈, 강병규, 신정환, 강성범(4회 ~), 임창정.(1~3회)
4기(2003년 6월 ~ 2003년 10월): 위험한 초대는 그대로 넘어왔지만 2~3기까지 진행되었던 공포의 쿵쿵따가 없어지고 육하원칙을 이용해 원판을 돌리거나 게임을 해서 벌칙을 결정하는 '운명의 바퀴'라는 코너가 신설되었다. 자세한 내용은 운명의 바퀴 참조. 출연자는 이혁재, 유재석, 강병규, 신정환.
